六祖庙耸立在大梅关关楼以南约200米处幽静的山谷之中，庙宇旁边有终年清泉涌流的卓锡泉。相传六祖庙为佛门弟子为纪念禅宗六祖惠能法师在此脱险而建。

　　惠能法师肉身像

　　六祖惠能俗姓卢，是广东省新兴县人，祖籍河北范阳(现北京宛平)，生于唐太宗贞观十二年(公元638年)二月初八。他3岁丧父，生活十分贫困。年纪稍大则靠卖柴度日。惠能法师在24岁那年的一天，跑到县城去卖柴，听见有人在念诵《金刚般若经》，引起了他的兴趣，便有心念佛。后得到念经人的资助，来到湖北黄梅东山寺出家。禅宗五祖弘忍法师是当时的住持。

　　弘忍大师画像

　　相传印度佛教第二十八代祖师达摩法师带着传法衣钵来到中国传教，居于嵩山少林寺，这便是中国禅宗的始祖。达摩传衣钵给慧可，为第二祖，慧可传给僧粲，为第三祖，僧粲传给道信，为第四祖，道信传于弘忍，为第五祖。

　　六祖庙和衣钵亭

　　惠能法师到寺后，弘忍命其到后院劈柴踏碓。惠能法师到寺中后，深得弘忍法师赏识。弘忍法师原来打算把衣钵传授给他的大弟子神秀。但自从惠能来寺之年，弘忍法师察觉在领会禅机和慧根上，惠能要比神秀优异的多。因此，他便把传授衣钵的注意力转移到惠能法师身上。一天，弘忍法师招集所有的僧徒门人，对他们说：“现在，你们可各自回去作一偈语，要取本心般若之性。若悟大意者，即传给他衣钵，立为六代祖。”大弟子神秀所作的偈是：

　　身是菩提树，心如明镜台。

　　时时勤拂拭，勿使惹尘埃。

　　当时大字不识的惠能法师针对神秀的偈语，也作一偈：

　　菩提本无树，明镜亦非台。

　　本来列一物，何处惹尘埃。

　　六祖寺

　　弘忍法师认为惠能见性深透，悟契玄机，确是根器不凡，就此打算将衣钵传授给惠能。次日，弘忍法师来到碓房，见惠能腰中系舂米，便问曰：“米熟也未？”惠能曰：“米熟久矣，犹欠筛在。”五祖用杖击碓三下便离开了。夜里三更时分，根性敏锐的惠能来到弘忍法师的禅房。五祖单独为他讲《金刚经》：“至应无所住，而生其心。”见惠能大悟，便传衣钵给惠能法师，立为第六代祖。弘忍法师考虑到慧能出身低微，在寺里也只是个舂米的和尚，神秀可能不服，日后会加害于他随即令惠能速离黄梅，南回广东避难，三年内不得出来弘法。第二天，神秀知道惠能带走了传法衣钵，果然便率众追杀。惠能法师来到梅岭，精疲力竭，饥肠辘辘，神秀却紧追在后。为了避免与神秀的争斗，他便把衣钵放在梅岭道旁的一块大石上，躲入密林之中。神秀追至梅岭，见衣钵放在石上，便急不可待地去取。谁知衣钵瞬时发出万道金光，把神秀一伙刺得眼花缭乱，难辨东西。那衣钵也似有万斤之重，任凭神秀如何搬动，也难以挪动半分。神秀看到如此，仰天长叹曰：“天不助吾也！”便悻悻地折回。惠能法师脱险，口渴难当，岭上无水，便以杖点石，遂涌清泉。

　　卓锡泉

　　后来，佛门弟子为纪念六祖在梅岭脱险，便在六祖放衣钵之处修建了六祖庙，将六祖以杖击石的泉眼称之为“卓锡泉”(又称“衣钵井”)，将六祖放衣钵的石头称“衣钵石”。1995年为使禅光普照，南华寺佛源法师和佛门弟子捐资，又将六祖庙扩建为六祖寺，并兴建了衣钵亭。