对于二程的哲学，程颢自称：“吾学虽有所受，天理二字却是自家体贴出来”【《河南程氏外书》卷十二，《二程集》，中华书局，1981年，424页。】。将“天理”认作为本体并以“理”之本体论取代以往流行的宇宙本源-宇宙生成论，是二程始创的。“理”是一个绝对精神实体。它是世界万物存在的根源，亦是独立于世界万物而存在的观念。程颢说：“理”不因具体人物为政的好坏而存在或灭亡，它没有好恶的意志，它既独立于万物的存在，又不能存亡加减。从这个意义上说，它是唯一的存在。因此说，“万物皆只是一个天理”【同上书，30页。】。由于“理”是独一无二，故完全自足，而无丝毫欠缺，“万物之理皆至足”【《人物篇》，《河南程氏粹言》卷二，《二程集》，1267页。】。“理”不生不灭，不增不减，永恒存在，为其哲学逻辑结构的最高范畴。

　　如果反观《起信论》的“真如心”， “离言说相，离名字相，离心缘相，毕竟平等，无有变易，不可破坏，唯是一心，故名真如”【《大乘起信论》，《大正藏》卷三二，576a。】，“真如心”与“理”都同样具有实体的意义。在二程哲学中，程颢强调以主体与客体的合一，以一于“心”为归宿，这与“真如心”更为相似。他说：“天地本一物，地亦天也。只是人为天地心，是心之动，则分了天为上，地为下，兼三才而两之，故六也。”【《河南程氏遗书》卷二下，《二程集》，54页。】天地为一物，人为天地之心，把“物”溶于“心”，由于心的能动，而分天、地、人三才；万物有理，入“理”于“心”。这样，以“我心”为基础，统一“理”、“天”、“地”、万物，把认识客体溶于“我心”，便倾向于主观唯心主义。这个“我心”就是“心”与“法性”的统一，也就是“真如心”。在程颐的哲学中，与《起信论》甚有关系的便是“理一分殊”。程颐和杨时讨论《西铭》时正式提出“理一分殊”四字【《伊川先生文集五》，《二程集》，609页。】，后来“理一分殊”成为理学重要范畴。程颐认为，“理一”和“分殊”是体用本末关系，理只有一个，天下无二理，但其用其末则有许多。他说：

　　譬如镜灯之类，包含万象，无有穷尽。此理如何？曰：只是释氏要周遮，一言以蔽之，不过曰：万理归于一理也。又问：未知所以破佗处，曰：亦未得道他不是【《河南程氏遗书》卷十八，《二程集》，195页。】。

　　万物虽有差别，但皆从此理来，理只有一个，是万物的根源。

　　“理一分殊”的思想明显来自华严宗的“理事无碍”、“一多相摄”学说，后来朱熹所用“月印万川”的比喻都是来自华严宗【葛兆光先生认为“理一分殊”的道理其实并不是宋儒的发明，甚至也不是佛教的专利，它本是古代中国哲人心中皆有、人人口中却无的一种理念。见《七世纪至十九世纪中国的知识、思想与信仰》，《中国思想史》第2卷，复旦大学出版社，2000年，299页。】。而华严宗的理事圆融观是依《起信论》而立义，“心真如门”即是理法界，“心生灭门”即是事法界。所以，“理一分殊”的模式与“一心二门”都十分相似。