清咸丰五年（1855年），清军和租界的外国军队联合夺回了一度被小刀会占领的上海县城。随着社会秩序的恢复，曾经中止活动的各种善堂也开始重启自己的业务。对于上海近代的慈善事业来说，这期间发生了一件大事，就是沪上两大善堂同仁堂与辅元堂的合并。

在小刀会举事之前，上海拥有十几所善堂，其中以育婴堂、同善堂、同仁堂、辅元堂和全节堂等最为著名，号称“五堂”。五堂中的同仁堂主要经营赡老、施棺、义冢和为寡妇提供抚恤等项目，此外还有一项重要业务当时名为“担水济急”。担水济急就是消防，这是同仁堂各项业务中与城市公共事业关系最深的部分。根据担水济急条约，上海市内按数字分成13个区域，同仁堂的司事在其中10处设置水桶和扁担，并预先备好标有各区域号码的灯笼和号衣，同时还负责雇用水夫。一旦发生火灾，水夫们便去司事那里领取灯笼和号衣，然后赶赴火灾现场。在火灾现场，水夫每挑水一次，就由司事发给他们一枚竹筹，用以事后折算酬金。可以说同仁堂在向寡妇和老人施行救济的同时，还承担了当时上海市内主要的公共消防业务。

辅元堂成立于道光二十四年（1844年），比同仁堂晚一些。为了避免与同仁堂所从事的业务相互重复，辅元堂主要开展医疗救助，为此专门在每年疾病流行较多的夏秋两季开设了施医局。根据现藏于大英图书馆的咸丰元年《辅元堂施医局征信录》中的有关记载，可以约略知道，当时施医局聘请有内科、外科、儿科以及眼科和针灸科的医师，每年从阴历的五月十八日到八月十八日之间逢三和逢八日开局，合计每年的开局天数为19天。每到开局这天，接诊时间从早上七点开始，到正午结束。患者按挂号顺序接受诊治，不收取挂号费和诊金，医师也没有薪金，只有交通费。但很多医师放弃了交通费，自愿为患者无偿诊疗。在咸丰元年（1850年）的五月十八日，也就是本年度施医局开局的头一天，施医局接诊男性患者137名，女性患者177名，“给药二十二帖”。而在当年度整个开局期内，施医局总共接诊患者16106名，开具处方3306张。

随着兵燹的结束和社会动乱的平定，同仁堂与辅元堂相继重新启动了各自的业务，并走上了合并的道路。合并后的同仁辅元堂成为上海最具代表性的善堂，这一点，正如当时的报刊政论家王韬所说：“沪上善堂林立，而推同仁辅元为巨擘。”

小刀会起事前，同仁堂、辅元堂各自所承担的业务，都被合并后的同仁辅元堂继承了下来，并得到进一步的扩展和丰富。譬如虽然早在道光年间，同仁堂就设立了救生局，负责救助水难者和打捞溺死者的尸体，但同仁堂与辅元堂合并后，这项业务取得了更大的进展。同治十年（1871年），他们与上海市政当局达成《同仁辅元堂分办救生章程》，使救生局正式拥有了官督民办的身份。当时上海的救生船被称为“红船”，船体上写有“官设黄浦江带挡救生”的字样。

随着业务的拓展，同仁辅元堂越来越多地投身到社会公益事业当中。当时上海只有被称为北市的租界内有路灯，而南市及南郊没有路灯。于是，同仁辅元堂就利用民间的募捐和善堂的资金，在南市敷设路灯。

1883年6月29日，英国商人建造的杨树浦水厂开始向苏州河南岸的英租界供水。自来水在租界的修成，促使上海的士绅商贾决意仿效西洋之法，在城内自设铁管汲引江水。同仁辅元堂积极参与了铺设自来水管这一市政工程的全过程。经过社会各界的共同努力，到1898年春天，黄浦江水终于第一次通过铁管被引进上海城内。

公共工程的参与，社会义务的承当，不但巩固了同仁辅元堂作为上海善堂巨擘的地位，也使它所从事的事业突破了传统慈善业的范畴，从而具有了近代化社会公益的某些色彩和特征。