在藏传佛教的传布、发展史上，新中国成立后对藏传佛教宗教制度进行的变革是历史性的，它涤荡了封建农奴制度对藏传佛教的玷污，实现了政治统一、信仰自由、政教分离和各教派平等的原则，改变了旧西藏只有信仰藏传佛教的自由而没有不信仰自由的状况，使藏族人民真正享受到了《宪法》所赋予的宗教信仰自由的权利。
　　◆酝酿与准备
　　1951年5月23日，中央人民政府和西藏地方政府签订了《中央人民政府和西藏地方政府关于和平解放西藏办法的协议》，即十七条协议(以下简称《协议》)，这是中国共产党运用马列主义原理，和平解决西藏问题的纲领性文献。文件规定了在西藏地区实行宗教信仰自由的宗教政策，藏传佛教开始走向新生。
　　1951年至1959年的8年中，进藏部队和工作人员严格按照协议办事，对西藏社会制度保持原封不动，主要精力放在做好反帝爱国统一战线工作上。中央的工作方针是争取一切可以争取的人，团结一切可以团结的力量，同时集中打击亲帝分裂主义分子。鉴于西藏宗教问题的特殊性，中央明确指出对宗教界的统战工作“应着重上层。任何上层分子，只要不是顽固的帝国主义走狗和更大的匪帮特务，我们都应该争取。”
　　在中央的关怀下，通过进藏部队和工作人员的努力，对西藏宗教界的统战工作取得了很大成就：说服十四世达赖从亚东返回拉萨，达赖返藏后亲自致电毛泽东主席，表示拥护《协议》；护送十世班禅大师回藏，妥善解决了达赖和班禅之间的历史悬案，促成了藏族内部的团结；粉碎了反动组织“伪人民会议”的非法活动，打击了分裂势力，维护了西藏的稳定；广泛开展对寺庙中上层人士的统战活动，通过拜访谈心和组织交友，不仅联络了感情，还起到了宣传党的宗教信仰自由政策的目的；促成十四世达赖、十世班禅联袂赴京出席第一届全国人民代表大会，直接参予讨论和制订我国第一部《宪法》，并当选为国家领导人。
　　但帝国主义和他们培植的西藏亲帝分裂分子并不甘心自己的失败，他们反对一切有利于西藏民族进步和发展的事业，千方百计地阻挠《协议》的贯彻执行。他们置中央的耐心教育和争取于不顾，与国际反华势力相勾结，于1959年3月10日在西藏发动了全面武装叛乱，妄图使西藏脱离中央政府，把西藏变成帝国主义的殖民地，永远保持其残酷的封建统治。
　　◆方针与步骤
　　从1959年起，开始了席卷西藏大地的民主改革，百万农奴奋起砸碎了极端落后的封建农奴制度，获得了人身自由，建立了人民民主的新西藏。与此同时进行的宗教制度改革，清除了“政教合一”的社会制度，恢复了藏传佛教的优良传统，为宗教与社会主义社会相适应奠定了牢固的基础。
　　民主改革前的西藏，是一个政教合一的封建农奴制社会，寺庙是3大领主之一，占有约39.5%的生产资料。寺庙的主要经济来源就是对广大农奴的剥削，这部分收入占寺庙总收入的60%到80%。此外，政府和贵族又将一大部分收入用于供养寺庙和进行佛事活动。同时，特权商贸活动(包括贩卖毒品、军火等的收入)也是寺庙重要的经济来源。在封建农奴制下的藏传佛教已经不是一种单纯的宗教信仰，其领袖人物和上层僧侣已经蜕化成为维护封建农奴制度的3大领主之一，对广大僧俗人民进行残酷的剥削。在西藏平叛改革中，宗教制度的改革势在必行。
　　中央对西藏宗教制度改革的总体方针是：坚持宗教信仰自由政策，保护爱国守法的寺庙和宗教界人士，彻底肃清寺庙的叛乱，彻底废除寺庙的封建特权和剥削制度，建立寺庙民主管理制度，保护宗教文物古迹。
　　西藏自治区筹备委员会在《关于进行民主改革决议》中明确提出了“宪法进寺庙”，后来又具体化为5条：一是放弃剥削；二是民主管理；三是执行政府法令；四是劳动生产；五是老弱和专门念经僧尼的生活由政府包起来。毛主席对此给予了充分肯定，这些都是后来指导西藏宗教制度改革的重要原则。
　　西藏地方政府遵照中央关于在西藏采取和平改革和区别对待叛与未叛的总方针，制定了在寺庙进行宗教制度改革的路线：依靠贫苦僧尼，团结爱国守法的宗教界人士，打击叛乱的和最反动的农奴主及其代理人。
　　寺庙宗教制度改革经过了以下几个步骤：
　　(一)寺庙广泛开展“三反三算”或“双反三算”运动。“三反”是反叛乱、反特权、反剥削(未参加叛乱的寺庙是“双反”——反特权、反剥削，进行反叛乱的正面教育)；“三算”是算政冶迫害账、算等级压迫账、算经济剥削账。充分发动苦大仇深的贫苦僧尼开展诉苦运动，控诉叛乱分子的滔天罪行，揭露封建农奴制度的腐朽本质。通过控诉运动达到使贫苦僧尼提高阶级觉悟，认清自己遭受剥削的阶级根源和社会根源的目的，从而使宗教制度改革顺利进行。
　　(二)把自下而上地发动和组织群众，同自上而下地与宗教界爱国进步人士的和平协商结合起来。运动中，按照中央“在充分做好发动群众工作的同时，还必须切实注意做好上层人士统战工作，对于改革中的重要问题要和上层中的进步人士和中间人士进行反复协商，尽可能取得他们的同意”的指示，通过各种方式就运动中的重大问题和措施，同宗教界上层进行反复协商，充分听取他们的意见。对绝大多数爱国守法的宗教人士，采取团结为主和保护过关的做法。
　　(三)在群众充分发动，宗教界爱国人士觉悟普遍提高的基础上，经过反复讨论和协商，公开宣布肃清寺庙内一切叛乱组织和反革命组织，废除寺庙的10条封建特权和剥削制度。宣布加以保护和不干涉的10条，如规定保护贯彻执行宗教信仰自由政策、爱国守法的寺庙，保护僧尼的政治权利、正常的宗教活动、文物古迹等；不干涉群众自愿给寺庙布施和自愿捐献其拥有的生活资料，不干涉寺庙的学经、辩经和确定宗教职务的考试制度等等。
　　(四)在财产处理问题上，对参叛寺庙实行没收(没收军用品和大宗金银，其余仍留寺内归集体所有)；对未叛寺庙和宗教爱国人士的财产进行赎买；对他们在牧区的牲畜实行牧工牧主两利政策；对他们1958年以后放给群众的债务实行减息和保留债权的政策。对宗教界爱国人士的生活实行包下来、包到底的政策，政治上给予适当安排，生活上给予适当补贴，不降低其正当生活水平。
　　(五)寺庙内部实行民主管理制度。是由全体僧尼大会以无记名投票方式直接选举产生民主管理委员会。民主管理委员会主要由贫苦僧尼和爱国守法的宗教界中上层人士组成，是所在寺庙的行政管理机关，接受当地政府宗教事务部门的领导。民管会的主要任务是：贯彻宗教信仰自由政策和政府的各项政策、法令，管理寺庙的行政、经济和宗教事务，开展寺庙自养活动，生产经营，组织僧尼参加政策法令和时事学习；组织寺庙的收入分配，安排僧尼的生活；安排寺庙的正常宗教活动，负责寺内的文物保护和治安工作等。
　　西藏宗教制度改革涤荡了封建农奴制度对藏传佛教的玷污，实现了政治统一、信仰自由、政教分离和各教派平等的原则，从而改变了旧西藏只有信仰藏传佛教的自由而没有不信仰自由的状况，使藏族人民真正享受到了《宪法》所赋予的宗教信仰自由权利。
　　1965年，西藏自治区筹备委员会及其各级机构以及中国佛协西藏分会相继成立，许多宗教界人士特别是上层得到了职务安排。
　　进入新时期后，改革开放和现代化建设为藏传佛教的发展提供了良好的环境。江泽民指出，宗教界人士要坚持独立自主、自办教务的原则，要爱国、进步，要为祖国统一，民族团结和社会发展多做贡献。这些语重心长的嘱咐鼓励着藏传佛教继续沿着爱国爱教，团结进步，护国利民的道路走下去。