到11世纪中叶以后，西藏佛教进入各个教派形成时期，相继出现宁玛、噶当、萨迎、噶举、格鲁、希解、觉宇、觉囊、郭扎、夏鲁等教派。后5个教派由于无政治势力作靠山，势小力弱，先后融于其它教派或被迫改宗其它教派，均消失于历史长河之中。影响较大的有5个教派。
　　宁玛派(红教)，形成于公元11世纪，是藏传佛教中最早产生的一个教派。由于该教派吸收和保留了大量本教色彩，重视寻找和挖掘古代朗达玛灭佛时佛教徒藏匿的经典，并认为自己弘扬的佛教，是公元8世纪吐蕃时代传下来的，因而古旧，所以称宁玛(宁玛，藏语意为古、旧)。加上该教派僧人只戴红色僧帽，因而又称红教。红教以密宗修习为主，其思想受汉语系佛教影响，与内地掸宗“明心见性”说法相似。今天，红教不仅在中国藏区传播，在印度、不丹、尼泊尔、比利时、希腊、法国、美国也有其踪迹。
　　噶当派，创建于1056年。藏语“噶”指佛语，“当”指教授。“噶当”意为用佛的教诲来指导凡人接受佛教道理的意思。该教派以修习显宗为主，主张先学显宗，后学密宗，其教法传播甚广，藏传佛教各教派均受其影响。15世纪格鲁派兴起，原噶当派僧人和寺院，都改宗格鲁派，噶当派从此在西藏社会上消失。
　　萨迦派(花教)，创始于1073年，因该教派主寺萨迦寺所在地呈灰白色，故得名萨迦(藏语意为白土)。由于该教派寺院围墙涂有象征文殊、观音和金刚手菩萨的红、白、黑三色花条，故又称花教。花教在形成教派体系、扩大宗教影响、伸展封建势力过程中，出现过历史上著名的“萨迦五祖”。其中，萨迦四祖萨班贡噶坚赞，1247年被元朝统治者召于凉州,商洽西藏的归属。之后，萨班联络西藏各个封建势力归顺蒙古。萨班去世后，萨迦五祖八思巴又成为元朝中央的高级官员，受到元朝皇帝极大的恩宠，被封为“国师”、“帝师”、“大宝法王”，萨迦派也由此成为元朝在西藏统治的代表。明朝，萨迦派高僧贡噶扎西前往南京朝见永乐皇帝，受封为明朝三大法王之一的“大乘法王”。
　　噶举派(白教)创始于11世纪，重视密宗学习，而密宗学习又必须通过口耳相传，故名噶举(藏语口传之意)。因该教派创始人玛尔巴和米拉日巴在修法时都穿白色僧裙，故噶举派又称白教。白教最初分香巴噶举和塔布噶举。香巴噶举在14、15世纪衰落，现在谈到噶举派，一般就是塔布噶举。塔布噶举实力雄厚，支系最多，其中一些不是直接控制过西藏地方政权，就是独占一方的封建势力。
　　格鲁派(黄教)，创建于1409年，是15世纪西藏佛教史上的著名的宗教改革家宗喀巴在推行宗教改革过程中形成的，也是藏传佛教中形成最晚的一个教派。宗喀巴生在西藏帕竹政权取代萨迦政权之时，上层僧人不仅直接参与政治、经济权力的角逐，而且生活日趋腐朽，在社会上逐渐失去民心。针对这一情况，宗喀巴以重视戒律为号召，到处讲经说法，著书立说，抨击僧人不守戒律，积极推进西藏佛教改革。1409年藏历正月，他在拉萨大昭寺发起祈愿大法会，这就是流传至今的传召大法会。法会后，宗喀巴建起著名的甘丹寺，创建起严守戒律的格鲁派(格鲁，藏语意为善律)。由于宗喀巴及其追随者戴黄色僧帽，故又俗称黄教。黄教创建后，相继又建立起哲蚌寺、色拉寺、扎什伦布寺、塔尔寺、拉卜楞寺，它们与甘丹寺一起并称为格鲁派的六大寺院。此外，黄教还创建了达赖、班禅两个最大的活佛转世系统。