三、四分说
　　唯识学之一大特色者即是在于认识，而作为认识之主体——识是如何认识事物的，诸家解说便有了不同，故形成著名的“四分说”。基师《唯识述记》说：
　　“安慧立唯一分，难陀立二分，陈那立三分，护法立四分。”(注73)
　　安慧是一分论者，主张见、相二分是遍计所执，作为识之自体——自证分属依他起，故只有自证一分，而无见、相二分。《成唯识》说是依《入楞伽经》而立一分说，如说：
　　“如是四分……或摄为一，体无别故。如《入楞伽》伽他中说：由自心执著，心似外境转。彼所见非有，是故说唯心。”(注74)
　　难陀(Nanda)、火辨(Citrabhāna)等则主张见分是心心所法，是能分别(认识)；相分是所分别(认识)，此二俱属依他起；故一切法皆不出见、相二分。陈那则主张见分、相分、自证分之三分说，认为凡是认识，都必须有所认识(境，相分)和能认识(识，见分)，在认识时又必须有能知对境了解的识自体，即自证分(量果)。如《成唯识论》说：
　　“然心、心所一一生时，以理推征各有三分，所量、能量、量果别故，相、见必有所依体故。如《集量论》伽他中说：似境相所量(相分)，能取相、自证，即能量(见分)及果(自证分)，此三体无别。”(注75)
　　护法承陈那之三分说，但又对其完满，即自证分虽能证知见分，然谁又证知自证分？故于三分之上再建立证自证分。如《成唯识》说：
　　“又心、心所，若细分别应有四分。三分如前(所说)，复有第四证自证分。此若无者，谁证第三？心分既同应皆证故。”(注76)
　　自证分证知见分，证自证分又证知自证分，而自证分又为谁证知？四分说者即采用辗转证知法论进行说明，即证自证分又以自证分来证知，从而避免了辗转无穷的过失。
　　四、种子本有、新熏说
　　在原始佛教到初期大乘佛教中，以习、余习、残习、习气等来说明种子，不过都是就烦恼而说的，其中也说到了“熏习”。瑜伽唯识学进入到论书的时代，对习气说又有了发展，不仅有原始佛教到初期大乘佛教所说的“业习气”及“二取习气”，更还说有“名言习气”。(注77)并对熏习说又大力发挥，依名言习气的熏习而说心与物是辗转相熏相成的，种子起现行，即是种子为因，现行法为果；现行法复熏成种子，即现行法为因，种子复为果。如是因果辗转相熏相生，而形成心物相依不离的关系。(注78)《摄大乘论》虽是这一理论最初的阐发者，但该论在解说种子及熏习时，前者承《瑜伽》的七因(注79)而说有六义，(注80)后者则补《瑜伽》所未详处而说所熏四义。如说：
　　“坚、无记、可熏，与能熏相应。所熏非异此，是为熏习相。”(注81)
　　《成唯识论》在《摄论》所熏四义上，更说有能熏四义，如说：
　　“何等名为能熏四义？一、有生灭。若法非常，能有作用生长习气，乃是能熏；此遮无为前后不变、无生长用，故非能熏。二、有胜用。若有生灭，势力增盛，能引习气，乃是能熏；此遮异熟心、心所等势力羸劣，故非能熏。三、有增减。若有胜用，可增可减，摄植习气，乃是能熏；此遮佛果圆满，善法无增无减，故非能熏。彼若能熏，便非圆满，前后佛果应有胜劣。四、与所熏和合而转。若与所熏同时同处，不即不离，乃是能熏；此遮他身刹那前后无和合义，故非能熏，唯七转识及彼心所有胜势用。而增减者具此四义可是能熏。”(注82)
　　《瑜伽》在种子说上较原始佛教到初期大乘佛教有一较大的突破，即主张菩提种姓，也就是菩提种子。此种是有情觉悟之因，能否成就三乘胜果，即是看此菩提种之有否，而瑜伽唯识学“五种姓”说建立的根源即始于此。菩提种姓有二：一是“本性住种姓”，二是“习所成种姓”。本性住种姓，即是“从无始世展转传来法尔所得”，是先天的；习所成种姓，即是由本性住种姓为因，而由后天听闻正法，如理思择，法随法行熏习而成。(注83)但在后期唯识学中，关于种子的存在在解说上便有了分歧，如护月(Candra-gupta)主张本有说，难陀、胜军等主张新熏说，护法则主张本有和新熏二说。
　　(一)护月的本有说。《成唯识论》说：
　　“此中有义(护月)：一切种子皆本性有，不从熏生。由熏习力，但可增长。如契经(《无尽意经》)说：一切有情，无始时来有种种界，……界即种子，差别名故。又契经(《阿毗达磨大乘经》)说：无始时来界，一切法等依。界即是因义。” (注84)
　　护月大约与护法同时，依《无尽意经》、《阿毗达磨大乘经》、《楞伽经》、《瑜伽论》等而倡无漏种子本有说，认为所具之种子是法尔有的，并非是由后天熏习而成。有漏种如是，无漏种亦然，皆是“不从熏生”。(注85)
　　(二)难陀、胜军的新熏说。《成唯识论》说：
　　“有义(难陀)：种子皆熏故生。所熏、能熏俱无始有，故诸种子无始成就。种子既是习气异名，习气必由熏习而有，如麻香气花熏故生。如契经(《多界经》)说：诸有情心染、净诸法所熏习故，无量种子之所积集故。”(注86)
　　难陀依《多界经》、《摄论》、《瑜伽》等而立种子新熏说，同时认为“有情本来种姓差别，不由无漏种子有、无，但依有障、无障建立”。
　　(三)护法的本有、新熏说。《成唯识论》说：
　　“有义(护法)：种子各有二类：一者本有，谓无始来异熟识中，法尔而有生蕴、处、界功能差别。……二者始起，谓无始来数数现行熏习而有。”(注87)
　　护法对唯本有与唯新熏说都是持否定态度的，即认为唯本有者，“转识不应与阿赖耶识为因缘性”，此是依《摄论》心物相熏相生的道理而说定有新熏。若种子不由熏习，则转识(现行法)则不能与作阿赖耶识之因，阿赖耶识亦不能作转识(现行法)之因，故种子定由熏习。而对唯新熏者，护法认为：“有为无漏，无因缘故，应不得生。有漏不应为无漏种。勿无漏种生有漏故，许应诸佛有漏复生，善等应为不善等种。”若唯新熏，无本有种，此有诸过：1、由于种子皆由新熏，则无因缘生起现行法。2、有情无始来为无明烦恼所障而沉沦生死，若无本有种姓，如何能引起无漏现行？有漏种不能生起无漏种故。3、若无本有种，诸佛生起无漏现行，乃由有漏种生，那么善等法亦可为不善等法之因，诸佛亦生有漏法。(注88)从而护法主张种子应有二类，一是本有种，二是始起种，亦即新熏种。有情于无始生死流转中法尔具有无漏种，不由熏习；由于听闻正法，如理思择，以本有无漏种为因，而熏修净种以令其增长，辗转相熏相生，至于圆满即成佛道。(注89)
　　注:
　　(注73)《成唯识论述记》卷三本，《大正藏》册43，页320下
　　(注74)《成唯识论》卷二，《大正藏》册31，页10下
　　(注75)《成唯识论》卷二，《大正藏》册31，页10中
　　(注76)《成唯识论》卷二，《大正藏》册31，页10中
　　(注77)《摄大乘论本》卷上说：“……谓三种熏习差别故。一、名言熏习差别；二、我见熏习差别；三、有支熏习差别。”《大正藏》册31，页137上—中
　　(注78)如《摄大乘论本》卷上说：“复次，阿赖耶识与彼杂染诸法，同时更互为因。云何可见？譬如明灯焰炷生烧同时更互。又如芦束相依持同时不倒。应观此中更互为因，道理亦尔。如阿赖耶识为杂染诸法因，杂染诸法亦为阿赖耶识因。唯就如是安立因缘，所余因缘不可得故。”《大正藏》册31，页134下
　　(注79)《瑜伽师地论》卷五，《大正藏》册30，页302中
　　(注80)《摄大乘论本》卷上，《大正藏》册31，页135中—下
　　(注81)《摄大乘论本》卷上，《大正藏》册31，页135上
　　(注82)《成唯识论》卷二，《大正藏》册31，页9下
　　(注83)《瑜伽师地论》卷三五，《大正藏》册30，页478下
　　(注84)《成唯识论》卷二，《大正藏》册31，页8上
　　(注85)《成唯识论》卷二，《大正藏》册31，页8中
　　(注86)《成唯识论》卷二，《大正藏》册31，页8中
　　(注87)《成唯识论》卷二，《大正藏》册31，页8中
　　(注88)《成唯识论》卷二，《大正藏》册31，页8下
　　(注89)《成唯识论》卷二，《大正藏》册31，页9上