明朝天启三年十月十二日正申时，憨山大师于广东曹溪端坐而逝，世寿七十八岁。当天夜里，群鸟悲鸣。并有毫光冲天，照亮夜空。四众哀恸，声震山谷。

　　大师灵体三天以后依然栩栩如生，面皙唇红，手足绵软，如入禅定。憨山大师灵龛于第二年正月二十一日归匡山。因匡山地多阴，不便安葬，经二十年后又从匡山重返广东曹溪。大众开灵龛瞻视，见大师结双跏趺坐，面色鲜红，爪发犹生，衣服尚新，只是开龛以后立即见风零星飘碎。当时有一僧人建议依天竺的方法，用海南栴檀末涂其体。众人同意他的作法，此僧人涂罢以后即离去不见。

　　然后弟子们恭恭敬敬为大师肉身披上了千佛衣，供奉于憨山寺内。现在，憨山大师与六祖慧能的肉身并列供奉于曹溪南华寺内。两大菩萨以不朽肉身默默昭示着后人。