世界上灵芝科的种类主要分布在亚洲、澳洲、非洲及美洲的热带及亚热带，少数分布于温带。地处北半球温带的欧洲仅有灵芝属的4种，而北美洲大约5种。中国地跨热带至寒温带，灵芝科种类多而分布广。灵芝的种类约有200多种，但并不是每种灵芝都能药用，其中包括不能食用的毒芝。医学证明赤灵芝、紫芝、云芝药用价值最高。在全国最大的原始森林，长白山自然保护区最适宜生长。但是由于多年来人类的过度采摘，野生灵芝的存量越来越少。

　　中国灵芝类真菌自然分布的总特点是东南部多而西北部少。如果从东北部的大兴安岭向南方向的西藏东南部画一条斜线，便可将灵芝的分布划分为迥然不同的两大区，正好说明灵芝科种类的分布与中国的地形地貌、生态环境相吻合。目前已知此条线以西由于干旱或高寒等原因，缺乏灵芝繁殖生长的天然条件，只分布有树舌和灵芝两种。在青海、新疆和宁夏几乎没有发现常见的灵芝（赤芝）。赤芝主要分布长白山和台湾地区，并以长白山灵芝和台湾的樟芝最为著名。

　　而灵芝的热带分布范围大致在南岭以南的两广、福建和台湾南部以及海南、香港地区。还包括云南西双版纳和西藏的东南部地区。在这些地区的热带季雨林区具有代表性的是热带灵芝、喜热灵芝、弯柄灵芝、无柄灵芝、薄树芝、背柄灵芝、胶纹灵芝、黄孔灵芝、紫光灵芝、黑肉假芝、皱盖假芝、咖啡网孢芝、长柄鸡冠孢芝。其它还有海南灵芝、黑灵芝、黄灵芝、大圆灵芝、茶病灵芝、黄褐灵芝、大孔灵芝、黄边灵芝、赭漆灵芝、有柄树舌、橡胶树舌、三角状树舌、南方灵芝、大孔假芝、黑漆假芝、粗柄假芝及二孢假芝等，共计有66种，占已知灵芝总数的66%。在该区还发现了大量灵芝的新种。

　　亚热带分布区范围大致包括南岭以北至秦岭之间的长江中下游地区。在该区常绿阔叶林区具有代表生的是紫芝、长孢灵芝、灵芝、四川灵芝、小孔栗褐灵芝、硬孔灵芝、拱状灵芝、无柄紫芝、华中灵芝、褐树舌、层迭树舌、福建假芝、假芝、江西赤芝、耳匙状假芝、小孢灵芝、黑假芝等，共计25种，占灵芝类总数的25%。其中以灵芝和紫芝分布较广泛。另外此区域是中国灵芝类南北分布的过渡地带。

　　温带分布区范围则包括秦岭向东北至大小兴安岭。其中以辽宁南部及华北落叶阔叶林区又属暖温带，辽宁以北即广大的东北地区为主是中温带，兴安岭区属寒温带针叶林区，目前在区内仅分布灵芝属的松杉树芝、灵芝、树舌、伞状灵芝和蒙古灵芝。树舌和灵芝是中国分布最广泛的两个种，前种分布27个省区而后种分布19个省区。蒙古灵芝原发现于河北省北部，在内蒙古北部的大兴安岭和长白山脉亦有分布。目前人工栽培的种类中，除了赤芝外，松杉树芝质量最佳，在韩国、日本及中国台湾省人工栽培产量大而普遍。中国目前人工生产最多的主要是以上两种，其次是密纹薄芝，紫芝产量低而不广泛。在中国已知的种类中，目前驯化栽培而知其名称的还不到10%，可见从野生种类中驯化德育优良生产菌种，或具有药效的种则潜力很大。