依正不二的教理，依是所依，也就是一切生物须依住的世界，正就是指各生物当体，当知世界、宇宙、时空与包括人在内的一切众生，是一不是二的。这是依正不二之大旨。我们知道宇宙是无限大的，地球距离太阳有九千四百五十二万四千里，距离海王星有二十九亿一千三百六十四万四千里，地球与海王星同为太阳系中之行星，相距已经是如此遥远，如很远的恒星，肉眼看不到的有六千个以上，这等恒星距离地球最近的有海王星之七千倍以上，用望远镜可看到的弱光恒星。假定光速一秒间走三十万八千公尺，这些星球的光要三千五百年才能到地球，其他肉眼不能看到的星球就不知有几，而其光何时才能到达地球呢？

　　可知这个宇宙是无限大的，时间是无始无终的在持续着，佛教说三千大千世界，就是说宇宙是大而无外，小而无内的，何以言之？因为无限大的宇宙（时空）中有无数之星球散布着，这等星球各有一个宇宙。我们的太阳系只是这无限大之宇宙之一小宇宙，这小宇宙中有我们的地球小宇宙，又有中国小宇宙，又有台湾小宇宙，有我们的家庭小宇宙，个人小宇宙，寄生虫小宇宙，我们腹中的寄生虫产生数万的卵，繁殖出很多小虫的各各宇宙，这些微虫以我们的腹内视为其大宇宙而生存着。据说柏林市下水沟中一立方公分的水有五千多万细菌，所以宇宙是大也无限，小也无限，一物一世界，重重无尽。《华严经》说：“以一切法入一法，以一法入一切法，以一众生入一切众生，以一切众生入一众生”。所以所依之世界与正依的生物，同一宇宙。就是说，依正是不二的，前面有说身心不二即我们的身心是同一物的两面观，身体与精神不是只有人类才有，下等动物也有。生物家说，动物与植物完全没有差别，所以动物有身心，植物一定也有身心。植物中有机体与无机体的空气或水不能分离，所以植物有身心，那么无机的元素也是有身心了，若是无机的元素没有身心，由此无机元素所成立的有机物就没有心了，何故呢？因为无不能成有，地球上的万有皆具有身心，而其身心是同一物的两方面，换言之是一元的存在，是以地球其本身都是具有物质与精神的存在，我们之太阳或太阳系乃至全宇宙都是具有物质与精神的存在，而物质与精神是同一元的。所以依报的宇宙、正报的生物。一切都非归着一元不可。这就是依正不二的意义。以上是说众生万物皆是有心的存在，人类与其他生物非生物之差别在其自发的精神活动多少而已。换言之，人类和高等动物的自发活动比较复杂，下等动物及无生物的自发活动比较简单，例如：类人猿会罚奸YIN，会说简单的语言和歌谣，猩猩会建造家或做卧床，穿衣服，能笑，大象会用放逐之刑，马会认路，知人的智钝，猫狗会表现悔恨，鹦鹉学舌，蜜蜂能别君臣，蚂蚁具有奴隶性，刺槐善守一夫一妻制，蜻蜓能预知天气，琥珀会吸尘，电气阴阳会相感，水会下流，空气会努力填充真空，石头会保持自己的坚固，由此看天下无一物没有不自发活动的。故依正是一不是二。与生物同体在法界体性中具有理与智之二德（其各自发的活动叫如来之理德，精神意识叫如来之智德），如来者一元之法性，物理精神者，法性之二相，视物之自然构造来决定其精神发用，例如电气未分率之前是一元，分率成二极是二相，通于电灯会亮，通于电视会发声显像，因电灯与电视的组织不同故发生现象不同。

　　再就人类与宇宙关系来看，宇宙有不可思议的智慧，例如各种的花果，节气一到，自然开花结果，同一地方开出不同形色的花蕊，如将其花或果木解剖来观察，未见有花色之物，这就是宇宙中的大智慧，是如来的理德。用显微镜直径约0.6厘观察人类卵细胞，这种微细的卵胞中任你如何解剖，都找不到人之头脑神经，内脏和器官骨肉手足，但是当该卵胞受精时，忽然分裂增加细胞数由此分业，成为头脑、神经、内脏等器官、骨肉手足，如此发生的顺序丝毫不乱，终至成为一个完整的人形，决不变成禽兽之形，可见其不可思议了，这种自然界（法性）（如来）灵智确实惊人，人类是受此宇宙自然之灵智来生的，依此宇宙自然灵智的教化而开发智识的。例如我们由研究眼球之构造而发明摄像机、幻灯机，看了开水冲动锅盖而发明火车，发现天文学理则而造测候仪，其诸如电视、录影机等无不是由自然之灵智所教导的。又宇宙有一种自然调和之德，如大至太阳系，小至草木无微不至都不能失去调和，否则不能存在，故地球上的动植物都是相资相援而生存的，动物之间也不知不觉中相助相依而生活。人类如果孤立是不能生存的，各生物间互为依存犹如人的手足头目肠胃骨肉的互为连带关系。人感于宇宙自然调和之德而生。进而行其道德。子曰“己所不欲勿施于人”，释迦云“一切众生犹如赤子”，这都是要人类行调和亲睦之德。进化论者误认为人类是利己主义者，其利他的道德行为是基于利己而发是错误的。

　　如果人类是纯粹利己主义的动物，毫无利他的道德心，那么在生存竞争过程中不会有道德心的涌出。但对宇宙自然的灵智，最能感应的是人类，故对宇宙的善德自然会回应，人类的利他行为是回应宇宙的，不能说是利己的附带条件，也即天地与我为一，天道即人道，此即依正不二的道理。永嘉大师云：诸佛法身入我性，我性还与如来合。即诸佛法身是天地之本性，天地之本性入了我性，我性与如来合，宇宙和人的本性合一。宇宙是一大神灵，不断的对我们默示了幽玄大道，我们为宇宙一大神灵的化身，一脉相通吸她的圣乳，是她的亲生子！是她的化身，它无时无刻不再教训人类，古人云：苍天无语，问而答之，松风之音。就是诸法是自然法性的化现，化现其物即宇宙当体，当相即道，即事而真。古人云：溪声鸣语广长舌，山河大地法王身。所以天地是一大神灵，是一大如来，我们永在她的怀抱里，也不能离开她。细流中见到书籍，岩石中见出教训，其他之活动中发现善心，西洋谚语说：万物皆是宇宙之照镜。天地间万物悉皆与之全体的缩写，宇宙藏在其中。花、鸟、霜雪、日月、山川悉皆包含天地幽玄的真趣，释尊目睹晓天之明星而悟入天地的幽玄，玄楼见了朝日之旭升而悟天地幽玄之旨。花是自然所绘之文字也。桃红柳绿不外是宇宙其深奥幽邃的指示文字。法隶和尚云：森罗万象自己家风。这都是指示依正不二、天人合一的妙境。修证义说：“十方法界之土地草木墙壁瓦砾皆作佛事”就是同一的启示。

　　如上面所说，直接信宇宙万物皆佛，信其是神灵的宗教叫做泛神教，是真言宗所信奉的，也名为象征哲学，真言宗曼荼罗就是其物。反之信这宇宙之表，有了超然的唯一之神，来支配着天地万有，这种宗教叫做一神教，像基督教、天主教、回教等。泛神教是最高之宗教，超绝神教是属于次位的宗教，泛神教是理性，发达的学者之宗教，一神教是感情的无知者所适应的宗教。一神教以一神来创造天地万有，这全智全能的神在统治着，其理论充分主张我们之一切行动，皆出于神的指示，那么我们之行为与善恶应该是没有责任的，如果我们能发生了违背神意，那么可以说其神不是全能的，因为神是全能故一切行为善恶皆神意所支配，现在青少年犯罪层出不穷，是神意所直视呢？神既然是全能为何创造这不完整的歹徒，以及残疾病苦、贫穷、愚痴呢？换言之这都会堕入宿命论。第二，一神教分肉体与灵魂，我们死后成为灵魂，入于天国，现代科学无法找出天国与灵魂在那？第三，唯一神经以人拟像神一样来为中心，以其他的万物为人之生存工具，神为人之生活必需而准备创造的，这是大迷信，反之佛教就是信以天地同根，万物一体的。王阳明所云：大人者以天地万物为一体也者。见其天下犹一家……岂惟大人，虽小人之心亦莫不然，彼顾自小之耳。

　　是故见孺子之入井必有怵惕恻隐之心焉，是其仁之与孺子而为一体也。孺子犹同类者也，见闻鸟兽而为一体也，鸟兽犹有知觉者也，见草木之摧折而必有悯恤之心焉，是其仁之与草木而为一体也。草木犹有生意者也，见瓦岩之毁坏而必有顾惜之心焉，是其仁之与瓦石而为一体也，是其一体之仁也。虽小人之心亦必有之，是乃根于天命之性而自然灵昭不昧者也。

　　即在仁之上说了万有平等之理。王阳明所谓仁，是佛教的所谓慈悲，以具有大慈悲的佛眼来看一切众生，即皆同胞也，于是乎，其恩泽被及禽兽。以前阿育王为了人类和禽兽，敕令路边穿井、植物、建立病院。天桂和尚，怜及小虫，不许将热汤泼落地上，日本圣德太子，将药猎代游猎。这不外是以佛之大悲心为其心的。所以劝请各位，若有一片仁心，请不要打猎，以免心上不安。劝君莫打半天飞，一矢射来血肉碎，母亲已葬你腹里，子在家中望母归。

　　日本骏河国原宿松荫寺，有住持白隐禅师，原宿有一个商人，是皈依白隐的虔诚在家弟子，视白隐为他唯一心目中的高僧，也视为一位活佛，犹如他的父亲而尊敬供养，白隐也常常在此家出入，商人有个女儿，与其家中佣人私通，生下一个孩子，商人是一个正直的人，责问其女，令其说出真相，女儿心思若将其真相说出，家庭名义有妨。孩子也无法在其怀下养育，即诈言是白隐之子，以此孩子也可以保平安，不料其父闻言大怒，将其儿子直向松荫寺见白隐大骂野和尚。并将孩儿扔在白隐面前，白隐一言不发，将孩儿抱起，天真的孩子手扑白隐之胸如思吸乳一样而哭，禅师为此怜悯流泪，拿个糖放入孩子口中抚慰之，想起一诗：可怜的弃儿，夜半啼不止，不知作母视的有添乳之梦乎。白隐每天为此孩儿施与慈心，处理大小便之外尚且要往附近乞乳给与孩儿充饥，在这漫长的岁月，白隐虽受尽讥骂，也无动于衷，孩子的母亲每日思子心切，常想白隐对其儿子之起居是如何的操心，一日天降大雪寒风刺骨，其母在思子当中，见到一位和尚出来托钵，仔细一看竟然是白隐禅师，禅师将孩子放在他的怀中，出来为孩儿乞乳的，孩儿的母亲一见大哭，投身白隐面前，向白隐禅师说：禅师我错了，无罪无可恕，请禅师恕罪。禅师说：你的孩子也是我的孩子，不要紧。其母亲遂向其父直陈往事，其父益感禅师的为人大慈悲。父女前往松荫寺赔罪，禅师说：此孩子之父已知就可，遂将孩儿还其母亲，并没有一言谴责。所以当时的人都说骏河有二大，一是富士山，二是白隐。白隐是一位高德的善知识，所以一言白隐，在日本无人不知晓的，像白隐禅师是以佛之大悲为其心的，是实践天地之公道而不误的，是实现依正不二的教理的彻悟者。