众生之所以称为众生，是因为其心中充满烦恼，是迷执之人。“迷人于境上有念，念上便起邪见，一切尘劳妄念，从此而生。”烦恼（klesa）是各种扰乱身心并使人产生迷惑、苦恼、意乱等不良精神因素的总称。世人在其生活中的一切世俗欲求、情绪活动等都是烦恼，贪、嗔、痴为三大根本烦恼。潜在的、尚未发生实际作用的烦恼，其活动状态难以感知的，称为“随眠”，贪、嗔、慢（傲慢）、无明（痴）、恶见、疑为六种最根本的随眠，细分则广至九十八随眠。正在现实中发生实际作用的是“缠”，无惭、无愧、嫉、悭、悔、睡眠、掉举（心不平静）、昏沉为八缠。烦恼又称为盖，或称为结，或称为缚，或称为漏，或称为尘垢，或称为客尘。菩提作为超越的境界，是对佛教真理的觉悟，如窥基所说：“梵云菩提，此翻为觉，觉法性故。”妨碍实现菩提的一切精神作用都是烦恼，成佛的瞬间也就是去烦恼得菩提的瞬间。从烦恼到菩提关系的超越方法是，即烦恼而菩提，其内在超越的意义在于，不离人生烦恼而实现解脱，不离现实的人生而成就菩提之境。

　　依据慧能的佛性理论，清净佛性并不是一个孤立的存在，它和烦恼共生。妄念覆盖真性，成为世人发明真性的障碍。佛性虽然被烦恼覆盖，但佛性自身不会被染污，不会被烦恼消解，受污染的是世人的心识，佛性真实地先天存在，完整而又永恒，佛性之外的一切存在，都虚妄不实，一切烦恼自然也是如此。这一佛性理论的思想渊源是佛教的如来藏学说。据此，体会佛性，不是要等到把烦恼消除至尽才有佛性的自然显现，众生只要体会到烦恼的虚妄特性，不被烦恼所缠，自然就能实现即烦恼而菩提的内在超越。

　　具体的实现方式，可以通过皈依。慧能强调三皈依，皈依自心的觉性、正念、清净本性，这正是实现从烦恼到菩提的超越方法，即烦恼而菩提的解脱方法。

　　首先是皈依觉。“善知识，皈依觉，两足尊……自心皈依觉，邪迷不生，少欲知足，离财离色，名两足尊。”佛者，觉也。皈依佛，就是要皈依佛之觉性，自心的觉性。人类三大基本烦恼的第一条就是贪。贪为贪欲，贪爱。贪爱五蕴和合之肉体，贪爱世人生存所依赖的种种物质条件。“云何为贪？于有、有具染著为性。”有是指众生本身，有具是众生生存所需的物质条件。依慧能的看法，世人所贪的两大基本对象是财和色。财是财富，色，照佛教的传统解释，“变碍故名为色”。依中国传统的说法，指女色。慧能是在这一意义上使用此概念。消除财色等烦恼，必须“少欲知足”，而不是完全的禁欲。这实际上承认世人生存所需的一些基本欲望，基本的物质条件，人类繁衍的基本需要，如果这一切都禁止了，社会的延续就会受到阻碍。这可以说是对儒道两家“寡欲”“导欲”和“知足”修养传统的综合。

　　其次是皈依法。“皈依正，离欲尊……自心皈正，念念无邪故，即无爱著。以无爱著，名离欲尊。”法者，正也。皈依法，也就是皈依佛教正法，回归自心正法。法（dharma）的意义，大致可以概括为两类，一为轨，二是持。“‘轨’谓轨范，可生物解；‘持’谓任持，不舍自相。”作为轨范，法是指规范或规则，是人们一切行为的依据，佛所说教法，是佛法、正法，佛的教说之外的外道法，是邪法。作为任持，法是指具有自性或质的规定性的存在物，泛指一切事物或现象，包括物质现象和精神现象，特指小乘所分类的五位七十五法和大乘瑜伽行派所分类的五位百法。慧能将法解释为“正”，专指佛的教法。禅宗中将佛所传的微妙的内证之法，称为正法眼藏，涅槃妙心。与正相对的为邪。邪是烦恼，正是菩提。佛性为众生自性本有，佛法也因世人而有，“三世诸佛，十二部经，亦在人性中，本自具有”。禅宗所讲的正法妙心也在世人自心中，超越之道，就在于回归自心之正。皈依的方法是无念，没有邪念，不被物缠缚，不于境生执心。这种修行，可以理解为即邪而正，不是离邪而正。慧能讲“离欲尊”，也不是纯粹讲离欲而得解脱，而是即欲而离欲，只要自归于正心，心无邪念，自然身处染尘而不被染。如同莲花，出污泥而不染。

　　第三是皈依僧。“皈依净，众中尊……自心归净，一切尘劳妄念，虽在自性，自性不染著，名众中尊。”僧者，净也。僧是僧伽（samgha）的简称，意思是“和”、“众”，也译作和合众，原指有四人以上由僧人组成的僧团。慧能将其释为清净之“净”，指出了作为僧众所应有的本质特征，在家之男女居士分别称清净士和清净女，出家之僧，更应持清净。禅家常称出家教团或于丛林中修行的大众为清净众，《禅门规式》中简称“清众”。僧为清净义，皈依僧，就是皈依清净，而清净本是众生心的特点，皈依清净，因而也就是皈依自心清净。与清净构成对法的是污染，皈依清净，也就是实现从污染到清净的超越。这种清净并是不离染之净，只要自心保持清净，就是做到即染而净。

　　只要皈依自心之觉、正、净，就能实现从烦恼向菩提的飞跃，不离烦恼而得菩提。慧能自己表述为“烦恼即是菩提”。这一解脱，也是在瞬间实现的，迷则长劫烦恼，悟则须臾菩提。