从禅宗与律寺的关系着手，来看禅宗的发展过程，最起码有着这样两个阶段：一是禅律共住阶段，其次是别创禅居阶段。

　　首先是禅律共住阶段。据《景德传灯录》卷六载：“以禅宗肇自少室，至曹溪已来，多居律寺。虽则别院，然于说法住持未合轨度故。”【《景德传灯录》卷六，《大正藏》卷五一，250c。】 说到从达摩祖师在少室山传禅开始，一直到六祖惠能禅师，近两百年时间里，禅僧大多住在律寺之中，别院而居。这在赞宁所著《大宋僧史略》卷上亦曾说到这种情况。在禅律共住阶段，在形式上，禅宗还没有形成独立的禅林，禅修僧人亦仅是零散的分布于各律寺别院而居，集团性的修学还相当之少，禅僧亦是在传统的戒律生活中修禅。

　　其次是别创禅居阶段。到了百丈怀海禅师的时候，由于感到当时禅宗行人的说法、住持未合轨度，在思虑其原因时觉得大乘禅者应有其相应的规制生活，于是对于传统的大小乘戒律“博约折中，设于制范”，务使其相宜于禅僧开悟自性的修学生活。《大宋僧史略》卷上说：

　　后有百丈山禅师怀海，创意经纶，别立通堂，布长连床，励其坐禅。坐歇则带刀斜卧。高木为[木+施]架，凡百道具悉悬其上，所谓龙牙橛上也。有朝参暮请之礼，随石磬木鱼为节度。可宗者谓之长老，随从者谓之侍者，主事者谓之寮司，共作者谓之普请。或有过者，主事示以柱杖，焚其衣钵，谓之诫罚。凡诸新例，厥号丛林。与律不同，自百丈之始也【同上。】。

　　到了这一阶段，开始出现集团性的禅僧修学，禅宗寺院普遍兴起，在戒律规制上，禅宗亦开始创立适于自宗修学的清规生活，而与传统的戒律有所不同，即在禅寺建筑格局上、修学形势上、寺庙职事设立上，对僧众的管理方法上都出现了诸多新例。

　　百丈清规是应禅宗教团的出现和不断壮大的形势而出现的，可以说，没有禅宗僧团的出现，也就没有百丈清规的出台。而百丈清规的制定，又为禅宗僧团的发展提供了制度上的保障，这可说是禅宗僧团存在和发展的根本保障。禅宗的真正崛起，是以清规的创建为主要标志，而清规的制定，又为禅宗寺院的普遍兴起起到了根本的推动作用。正是禅宗的特别教育法，使百丈禅师创建了禅宗特色的清规，而百丈清规又使禅宗的特别教育法得到了顺利的实施。

　　从达摩传禅到六祖慧能，在历代禅者的说法与著作中，我们都可以或多或少地看出，禅修者自有其独特的戒律观。唯其这样的禅修者还没有大规模的出现时，这样的戒律观还仅是禅修者个体的特别经验而已，一旦禅修者的数量达到一定的规模，这种个体的体验就上升为这种团体的共识而固化为禅宗僧团的特别规制。从达摩祖师传禅到僧璨禅师时代，禅修者还仅是极为个别的情形，到了道信禅师的时候，其门下就有僧俗五百余人，诸州学道者云集双峰山，连刺使崔义玄也闻而就礼

　　【《续高僧传》卷二十，《大正藏》卷五十，606b。】； 而到了五祖弘忍禅师的时候，其门下有七百余僧【《景德传灯录》卷三，《大正藏》卷五一，222c。】，形成了东山法门；在六祖慧能禅师归宝林寺时有“缁白千余人”【《景德传灯录》卷五，《大正藏》卷五一，235c。】。 随着这样的禅僧修学的集团性规模不断扩大，对于管理制度的制定与成文化，也是势在必行。唯其禅门的特殊修学方式，亦应有相应特殊的规制。百丈清规的出台，可以说是在这样的形势下被呼唤出来的。