2009年8月8日，台湾中、南、东部地区遭受天灾“莫拉克”台风袭击，各地区传出了严重灾情。佛光山开山宗长星云法师闻讯后，在第一时间内立即捐助1000万新台币协助救灾，并指示总本山、佛光会成立“救灾中心”，分成物资供应、人力支持、关怀慰问、餐饮供应、医疗福利等组别，并发动全台各地别院全力投入救灾。指示全世界各分别院设立消灾禄位、超荐莲位，同时也撰写“为莫拉克台风水灾灾情祈愿文”，以表对受灾人民的关怀与慰问之意，祈愿文内容如下：
佛陀啊！佛陀！
您可曾听到他们的求救？
您可曾看到他们的哀伤？
那是人间苦难的现象！
那是娑婆浩劫的声音！
在那里，整个地区淹没在大水中，洪流惊人，
在那里，千万人的家园受到毁坏，满目疮痍；
他们此时迷失人生的未来，都在寻找希望的明天；
他们此时正像惊惶的羔羊，都在寻觅安全的依怙。
慈悲伟大的佛陀！
祈求您的加被，让他们生者消灾免难，安全如昔；让他们亡者往生佛国，莲登九品。
请求您让他们都能体悟，现实的家园会有成住坏空，自己的本性才能永恒安住；
请求您让他们都能了解，即使骨肉至亲，也会有生离死别，只有证悟解脱，才是究竟的依靠。
慈悲伟大的佛陀！
请您赐给他们再生的信心，让他们知道：活着就有希望；
请您赐给他们向前的勇气，让他们明白：生存就是力量。
让大家都知道：你我生命是共通的，自他关系是互动的；
我们一定要在平时作好防范工作，
我们必须要互助合作，居安思危。
我们更祈求，
这次的灾情不要再扩大，
类似的祸害不要再发生。
慈悲伟大的佛陀！
请求您接受我们至诚的祈愿，
请求您接受我们至诚的祈愿。