明清民国时期
　　明初，朝廷对佛教采取限制政策。自明代宗、明宪宗实行收费发牒制度以后，僧道大量增加，以致逐渐形成“自古佛寺之多未有过于明代”的局面。五台山佛教形势同全国基本一样。永乐五年(公元1407年)明成祖派太监杨畀修佛舍利塔(今大白塔)，并首建塔院寺。第二年，敕五台山十寺为国祝厘，命五台县按月供给寺僧米粮，并将贝叶灵文经和梵文经藏赐予大文殊寺(今菩萨顶)。正统十年(公元1445年)，明英宗敕造大藏经送普恩寺。成化十七年(公元1481年)，明宪宗遣太监李珍，将高达一丈六尺的镀金文殊像一尊、画佛百轴、香金五百两、布帛千疋、念珠万串送文殊寺。明成租、明宪宗、明武宗，都曾诏令在五台山修建寺宇。这是五台山佛教再度振兴的前奏。五台山佛教的再度振兴出现于明神宗万历年间。明神宗在派人重修塔院寺合利塔和狮子窝洪福万寿藏楼阁之后，于27年(公元1599年)春三月，令王忠送大藏经一部于狮子窝。同年五、六两月，王忠又受命分剧给龙泉寺和中台、北台送去金泥水陆圣像和佛经一藏。二十入年(公元一1600年)，神宗又在五台山设龙会，赐予五台山僧人锡枚、衣钵一千二百付。明神宗的母亲李太后，只因为子登基许过愿，亦舍钱于五台山修建寺庙。由于皇室的一再扶植和僧人的大力经营，五台山佛教在明世宗抑佛之后得到了迅速恢复和发展，全山佛刹一跃达到104所，出现了僧人来往如流，佛事起落如波的振兴局面。
　　明未清初，五台山佛教的振兴有因改朝换代而中止。前清诸帝，朝台频繁，在五台山设立了佛会，开办了僧学，更加推动了五台山佛教再度振兴的势头。清圣祖五度朝台，对菩萨顶大喇嘛丹巴扎萨克为禅师，给扎萨克制作了红顶盔、龙袍、朝靴，赐扎萨克以提督印的斩杀剑，制作了当朝一品的铜牌，让其享受皇子的俸禄，命山西全省予以进贡。西藏达赖喇嘛的堪布，被清圣祖请到五台山来诵经传戒，并拜为皇子师。由此开始，形成了达赖喇嘛从西藏的堪布中给五台山等地委任大喇嘛的制度。清帝对五台山的章嘉佛亦很优礼。乾隆(1736～1795)时，清高宗敕命于白水池兴建一寺，归十五世章嘉佛阿旺全达私有，赐额普乐院。从清圣祖到清仁宗的一百多年间，圣祖、高宗和仁宗合十一攻巡进五台山。为此，在从长城岭到台怀镇的益寿寺、台麓寺、海会庵、白云寺、杨林街等地修筑行宫五处。杨林街的行宫院亦称皇城，占地面积三十余亩，修建时间20多年。这一时期，五台山寺庙建筑和宫廷建筑齐举，佛事活动和农商活动并存，是五台山佛教史上第三个兴旺时期。
　　清未至民国初期和中期，由于政治腐败，社会动乱，许多人流离失所，贫病交加，精神上充满了失望和空虚，加之，佛教教义更加神化，人们便把寺院当作避难之所，出家为僧和在家供佛的越来越多。据有关资料载，民国二十八年(公元1939年)，境内计有寺院1lo座，僧尼2200人(其中喇嘛僧800余人)，在家奉佛者一万余人，仅南山寺就有僧人57名，居士22名。但是，由于日本侵略军已经侵占五台山，许多佰人不堪奴役，纷纷逃往北地，境内佛教出现急骤衰落。五台县解放后，1946年，外逃僧人陆续回山，在政府帮助下，组织各种合作社，进行生产自救。于是，境内佛教又出现了新的转机。
　　喇嘛教之兴起，喇嘛僧之参政，寺院经济的膨胀，是明清两代五台山佛教的三个显著特点。喇嘛教自元代传入五台山至明代，没有得到大的发展。从清圣祖封菩萨顶大喇嘛为禅师，并将罗喉寺等十个寺青庙改为黄庙以后，喇嘛教才得到迅速发展。民国初年，五台山黄庙已达25处，占全山寺庙的五分之一。由于清朝皇帝的支持，菩萨顶大喇嘛、台麓寺二喇嘛和章嘉活佛统管政教，权力之大，胜过地方官员。清末，入国联军侵入五台，台麓寺二喇嘛依什捧磋，受命同京师守将马金叙一道，与入国联军头目之一的德国提师磨什拉举行谈判，
　　并签订了和约，喇嘛僧参政于此可见。寺院成为经济实体由来巳久，明清两代亦无改变。’明代庙院的土地，总的来说不如元代的多，但亦可观。明万历二十六年(1598~)所立土地钱粮碑载：万历年，显通、塔院等十二寺拥有土地250顷4亩7分，每寺平均2000亩。万历四十一年(1613年)“五台山各寺免粳碑记”又载：石塔寺拥有土地4l顷14亩，灵鹫寺拥有土地113顷57亩，塔院寺拥有土地15顷79亩2分。直到民国中期，菩萨顶仍有田产100余处，塔院寺亦有铺产32处，台麓寺每年收租仍达1500余石。据民国二十五年(1936年)统计，镇海寺在
　　五台、繁峙、阜平等地均有庄产，年收租高达八万余石。境内松林村，即为镇海寺米庄之一。寺院僧人，要管理田产，要经营商铺，还要出租房屋，放高利贷，就连法会也染上了商业色彩。这种寺院经济的膨胀，同唐武宗灭法前的寺院状况，有着历史性的相似。