百丈怀海制定“清规”使禅宗的体制更为汉化，对禅宗自身的发展发生过巨大的推进作用。

以往禅宗僧侣多半住在律寺。随着禅宗的蓬勃发展，僧俗参学日渐增多，在律寺中居住对于说法和主持的不便，慢慢凸现出来。从道一起，禅僧们便开始另辟丛林，但当初尚未有丛林制度。有鉴于此，百丈怀海决定予以改革，制定“清规”。他折中大、小乘戒律，以便于禅僧修习为宜，倡议另立“禅居”；树年高德勋、独具禅学见地者为禅居“长老”，或称“化主”，住于方丈。又规定，为表明佛法超越言象，“不立佛殿，唯树法堂”。参学僧侣不分高下、多少，一律住于僧堂；在僧堂内置“长连床”，供打坐参禅。除了入室请益（听禅师开堂说法），任凭学者勤惰，或上或下不拘常例。还规定，禅院僧众“朝参夕聚”，“长老上堂升座，徒众雁立侧聆，宾主问难，激扬宗要”，其用意在于“依法而住”。“清规”还特别指出“行普请法”，即上下均力，开荒自给，要求僧侣“一日不作，一日不食”。另外，对禅院日常事宜也做了种种细致规定。

“百丈清规”使禅宗的体制更为汉化，对禅宗自身的发展发生过巨大的推进作用。别立禅居，使禅院僧侣直接从普通寺院中分离出来，成立独立自主的部分。如是，禅宗作为佛教的一个宗教，最终成为历史事实。