由于子宫内膜异位的部位不同，因此症状的差别很大，但主要有以下三大痛苦：

1.痛经：痛经的特点为继发性和进行性加重。患者可在月经初潮的几年内无痛经症状，而后会开始出现经期腹痛，并且逐年加剧，表现为每来一次月经，子宫内膜出血一次，疼痛就加重一次。疼痛多在下腹、腰骶部或腰背部，还可放射至阴道、会阴、肛门及大腿部，常常是从月经来潮前的1-2天开始，在经期的第一天最为剧烈，让人难以忍受，以致影响日常的生活及工作。不过，月经结束后，随着异位内膜的出血停止，疼痛会逐渐缓解、消失。但也有少数患者虽然内膜异位显著却没有痛经表现。

2.不孕：子宫内膜异位症的患者中，其中大约有50%左右的人会引起不孕。不孕的主要原因是异位的子宫内膜使盆腔发生广泛粘连，使输卵管向子宫腔运送卵子受到很多的影响，因而不能怀孕。除此，异位的子宫内膜使卵巢功能的失调，不能正常将卵子排出，也影响了怀孕。

3.巧克力囊肿：子宫内膜虽然跑到了子宫外面，种植在其他的器官或组织上，但它们非常奇妙，会像正常部位的子宫内膜一样，回应卵巢激素所发出的信号，即到了生理期，也会发生周期性的脱落和出血。然而，这些血液不能像子宫内的经血一样可以通过子宫颈口排出，而是被关在异位的局部不断地积累，引起所在部位的病变，并引起相应的症状。

如果血液积存于卵巢内不能排出，月复一月就会形成一个囊肿，其中血液中的水分就会被吸收，浓缩成咖啡色黏液，因此形成很像巧克力的囊肿；若是异位在子宫直肠凹陷及子宫韧带处时，就会有性交痛、肛门坠胀痛及腹泻等症状；内膜异位在肺部或疤痕处，就会引起咯血，或疤痕处出现紫褐色的斑点，淤血增多还会形成蓝紫色的包块。需要引起注意的是，巧克力囊肿不及时治疗就会越长越大，超于7厘米时便可能会引起破裂，造成急腹症，与宫外孕或阑尾炎穿孔很相似；或是有些转化为恶性肿瘤。