细菌感染：

　　妊娠前三个月患病毒或细菌感染，尤其是风疹病毒，其次是柯萨奇病毒，其出生的婴儿先天性心脏病的发病率较高。

　　其它感染：

　　如羊膜的病变，胎儿受压，妊娠早期先兆流产，母体营养不良、糖尿病、苯酮尿、高血钙，放射线和细胞毒性药物在妊娠早期的应用，母亲年龄过大等均有使胎儿发生先天性心脏病的可能。

　　染色体异常和单基因突变：

　　在正常人的细胞中有23对染色体，每对染色体中有一个是来自父亲，另一个是来自母亲。在23对染色体中，有22对常染色体，只有1对是男女不同的性染色体。染色体异常是指遗传物质缺失、重复或重排造成的数目畸变或结构畸变。这种染色体异常所致的先天性心脏病，约占先天性心脏病的5%左右，常常伴有心脏以外的其他器官畸形。

　　多因素遗传：

　　遗传因素加环境因素共同作用是造成心脏发育不全的最常见原因。据资料显示，约占先天性心脏病的90%左右。如果父母的家族中有先天性心脏病发病史，再加上环境因素，如孕早期受病毒感染、放射性污染、接触农药、滥用药物、吸烟酗酒等。各种因素相互作用，影响胎儿的心脏发育，先天性心脏病的发生率就会显著增高。

　　当然，其中遗传因素是基础，比如，在第一代有一人患先天性心脏病，其子女先天性心脏病的发生率为1%～5%，如果第一代有两个先天性心脏病人，其子女复发率可达15%；假如在第一代中多数人都患有先天性心脏病，其子女先天性心脏病的发生率可高达50%。

　　除此之外，环境因素影响的时间也很重要。例如，孕妇在妊娠5个月以后酗酒，虽然能造成胎儿肝损伤，但不会引起畸形。相反，在孕前或孕早期酗酒，就有可能造成胎儿心脏发育畸形。一位外国学者调查了150例先天性心脏病患儿，其中有47%的母亲在孕前3个月内有饮酒史。但这种先天性心脏病，大多只限于心脏本身而不伴有其他器官畸形。